Dentre os principais obstáculos encontrados na disciplina, podemos citar: as deficiências na Educação Básica, uma vez que muitos alunos chegam à universidade sem uma base adequada em raciocínio lógico e pensamento crítico, habilidades que deveriam ser trabalhadas desde a educação básica. Isso afeta a capacidade deles de organizar ideias, entender e resolver problemas complexos. Além disso, há também a falta de colaboração, pois a disciplina de pensamento computacional, especialmente em um formato de ensino a distância (EAD), estimula mais o autodidatismo do que a colaboração entre os alunos. Isso pode ser um obstáculo, já que o trabalho em equipe é essencial no desenvolvimento de soluções tecnológicas. Outro problema são as limitações tecnológicas, haja vista que o formato EAD também exige que os alunos tenham acesso a um computador pessoal adequado. A falta de infraestrutura, como um computador com uma tela maior, pode dificultar o progresso dos alunos, especialmente quando precisam programar em linguagens textuais